泰拉瑞亚游戏进程进入中后期，世界的敌对性与复杂性会迎来显著提升，玩家将面对种类繁多的新型生物和强大的头目敌人。这一阶段通常以击败血肉墙进入困难模式为分界点，世界本身会发生质变，神圣与腐化或猩红之地开始扩散，并生成全新的高级矿石。与此各种入侵事件，如哥布林军队、海盗入侵，以及更为危险的血月事件会频繁发生，它们不仅会带来成群的特色敌怪，其最终波次往往还伴强大的事件专属头目，对玩家的基地防御和实战能力构成严峻考验。深入地下，洞穴层的敌怪将大幅强化，并出现附带特殊环境伤害的生物群落，例如地下丛林会变得异常危险，而地狱环境则继续充斥着致命威胁。
机械三王是困难模式初期的核心挑战，它们分别是机械骷髅王、双子魔眼和机械毁灭者。机械骷髅王作为骷髅王的机械化变体，拥有多个可独立攻击的机械手臂，其攻击更具侵略性；双子魔眼是一对协同作战的克苏鲁之眼，分为发射死亡激光的激光眼和喷射诅咒焰的魔焰眼，在第二形态下它们的攻击模式会进一步强化；机械毁灭者作为世界吞噬者的机械版本，是一条庞大的、多体节的机械蠕虫，能够发射穿透性的死亡激光，并召唤探测球骚扰玩家。击败它们是推进游戏进程和获取神圣锭等关键制作材料的重要步骤。
在成功战胜机械三王后，世界会进一步演化，地下丛林中开始生成世纪之花的花苞。世纪之花是一个庞大而致命的植物形态头目，它会利用蔓藤爪钩进行近距离攻击，同时发射高速种子射弹，其攻击随阶段变化而增强。击败世纪之花是获取打开丛林神庙钥匙的唯一途径。丛林神庙内栖息着石巨人，这是一个拥有两个可分离攻击拳头的巨大石像头目，分为两个战斗阶段。战胜石巨人通常标志着游戏主线进程来到了最后的门槛之前。
除了主线头目，游戏后期还包含多个仅在特定事件中出现的强劲敌人。火星暴乱是一个石巨人后可能触发的入侵事件，由火星探测器引发，事件中会出现包括鳞甲怪、特斯拉炮塔、扰脑怪在内的多种外星敌怪，其最终头目为火星飞碟。撒旦军队事件则会根据其等级，在最终波次召唤食人魔、双足翼龙等强大的守卫头目。季节性事件如南瓜月和霜月，会带来一系列带有节日主题的强劲头目，例如南瓜王、常绿尖叫怪和冰雪女王，它们通常拥有多变的攻击模式和高额的伤害输出。
进一步探索世界，玩家还可能遭遇其他强大的可选挑战。在海洋中以松露虫为诱饵钓鱼，可以召唤出猪龙鱼公爵，这个鲨鱼、龙与猪的混合体攻击迅猛，会释放爆炸泡泡和召唤鲨鱼龙卷风。在地下神圣之地，若在夜晚捕捉并小心击杀一种稀有的七彩草蛉，则会召来光之女皇，其在白天的暴怒状态拥有极其可怕的攻击力。这些敌人并非推进主线的强制要求，但击败他们能获得独特而强大的奖励。
泰拉瑞亚的中后期内容以层次分明、特点各异的头目战为核心驱动力，辅以大量新增的常规敌怪和周期性入侵事件，共同构建了一个充满挑战的冒险终局。从机械三王到世纪之花与石巨人，再到各类事件头目，每个敌人都要求玩家具备与之匹配的装备水平、战术策略和操作技巧。游戏通过不断引入更强的对手，促使玩家持续优化自身配置，最终为挑战最终的月亮领主做好准备。
